De Universiteit van Utrecht staat bekend om diens studies in diergeneeskunde en plantenleer. De Hortus Botanicus en het oude Botanische Lab zijn hiervan het lokale bewijs. Ook de collectie van het museum sluit aan op deze studies; bijvoorbeeld de Bleulandcollectie, het Rariteitenkabinet en de nieuwe expositie ‘Het Plantenrijk’. 

De levende natuur staat centraal in het nieuwe museum en wordt één met het gebouw. Veel planten en boomsoorten verdwijnen in Nederland. Om deze soorten te beschermen is de Rode Lijst opgesteld. Het museum kan hier nu en in de toekomst een rol in spelen door juist deze bomen en planten op te nemen in het museum, als nieuwe collectie en om deze soorten te beschermen voor de volgende generaties. 

Deze specifieke planten en bomen vormen het museum. Het gebouw sluit aan op de omliggende bebouwing en de bomen vormen een inkeping uit het gebouw. Deze natuur dicteert de vorm doordat het gebouw om de bomen heen wordt gevormd.